Sejarah Malaysia adalah baru berbanding cabang dari sejarah dunia Melayu-Indonesia yang lebih luas. Secara budaya dan bahasa, terdapat apabila sehingga masa baru sedikit untuk membezakan wilayah dimana sekarang mengandungi Malaysia dari tanah daripada Kepulauan Melayu. Kini dunia Melayu dibahagi kepada enam negeri - Malaysia, Indonesia, Filipina, Singapura, Brunei dan Timor Timur – secara besar akibat dari pengaruh luar.